各プレイヤーに陣形カードセットを配り、歴史遡行軍役を１人決めます。他のプレイヤーは、それぞれの本丸の部隊役となります。

歴史遡行軍は陣形カードを１枚を選び、選んだカードに書かれた条件を満たすように、刀剣男士カードを６枚を選択して手札とします。
残りの刀剣男士カードはよく混ぜてから、それぞれの部隊へ６枚ずつ配ります。配られた刀剣男士カードが各々の手札です。

各部隊が順番に手札を発動していきます。自分の手番がきたら手札を１枚選び、場に公開して効果を処理します。
これを歴史遡行軍以外で繰り返し、効果によって得られた情報を元に推理を進めていきます。

歴史遡行軍の選んだ陣形がわかった部隊は、その陣形に有利な陣形カードを選び、歴史遡行軍の手番に「索敵完了」を宣言しましょう。
歴史遡行軍が出されたカードを確認し、判定を行います。
出されたカードが歴史遡行軍に対して有利であればカードを出した部隊の勝利。不利であれば歴史遡行軍の勝利。どちらでもなければ索敵失敗として、再び部隊側の手番を繰り返します。

ゲームが終了したら、誉ポイントの精算を行います。
勝利したプレイヤーには２点、引き分けならば１点ずつが与えられます。また、索敵失敗１回ごとに１点、不利な陣形カードを出してしまったプレイヤーは２点を没収されます。

ゲームを繰り返し、プレイヤー全員が１度ずつ歴史遡行軍役を務め終えたところで、最終的な勝者を決定します。
手持ちの誉ポイントが最も高いプレイヤーの勝利です！